果寡糖的作用主要是通过调节动物肠道中微生物区系平衡而实现的。动物体内分泌的α-淀粉酶、蔗寡酶、麦芽糖酶不能水解以β-1，2-糖苷键相连的果寡糖，因此果寡糖大都能顺利通过胃和小肠而不被降解利用，但大肠中的乳酸杆菌，双岐杆菌，梭状芽孢杆菌可产生一系列果糖苷酶，使这些有益菌得到养分而增殖。而有害菌不能分泌此酶，同时有益菌增殖后，会通过各种途径抑制有害菌，从而使肠道微生态系统调整到正常状态。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。